سرورهای لینوکس دارای سیستم عامل لینوکس و وب سرور آپاچی میباشد این سرورها فقط از زبان های PHP و PERL به خوبی پشتیبانی می کنند در حالی که سرورهای ویندوز دارای سیستم عامل ویندوز سرور میباشد که وب سرور آنها IIS می باشد. سرورهای ویندوز بیشتر برای افرادی که برنامه نویسی ASP ویا .NET استفاده میکنند استفاده می شود،البته سایت هایی که با PHP هم طراحی شده اند را نیز پشتیبانی می کند.
لینوکس یک سیستم عامل متن باز (open source) است و به عنوان یک سیستم عامل رایگان در اختیار همه قرار دارد. البته نسخه های تجاری لینوکس نیز موجود است.
ویندوز یک سیستم عامل تجاری و غیر رایگان است که توسط شرکت مایکروسافت طراحی و توسعه داده شده و به فروش می رسد. ویندوز سرور نسخه های متفاوتی دارد که برای هر کدام بسته به امکانات و خدماتی که برای سرور و سرویس دهنده فراهم می کند، هزینه های متفاوتی در ماه باید پرداخت شود. استفاده از ویندوز رایگان نیست.
تفاوت عمده ی هاست لینوکس و هاست ویندوز در این است که هاست ویندوز امکان اجرای برنامه های تحت .NET و بانک اطلاعاتی MSSQL را فراهم می کند.
در نهایت این طراح سایت شما است که می بایست در خصوص نیاز خود اعلام نظر نماید.